설문 응답 전체 결과는 Table 1과 같다. 문항 1에서 확인한 2014년도에 시행된 BRCA1/2 유전자 검사 건수는 11개 기관 전체 평균 192건으로 6개의 기관은 100건 미만(87, 범위 19–81), 5개의 기관은 100건 이상(256, 범위 158–521)이었다.
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Table 1 Survey questionnaires and answer frequencies
| Questionnaires & Answer Options | Answer N (%) |
|---|
| 1 | How many BRCA1/2 genetic tests were conducted at your institution in 2014? |
| A. | <100 | 6 (54.55) |
| B. | ≥100 | 5 (45.45) |
| 2 | What method(s) does your organization use to perform genetic testing?* |
| A. | Sanger sequencing (direct sequencing of whole exons) | 11 (100.00) |
| B. | Multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) | 2 (18.18) |
| C. | Mutation scanning | 0 (0) |
| D. | Pyrosequencing | 0 (0) |
| 3 | What type of software does your organization use to analyze the genetic testing results?* |
| A. | Sequencher | 9 (81.81) |
| B. | Seqscape | 3 (27.27) |
| C. | Seqscanner | 0 (0) |
| D. | Mutation surveyor | 0 (0) |
| E. | GENETYX | 0 (0) |
| F. | MT Navigator | 0 (0) |
| G. | CLC Genomics/Main workbench | 0 (0) |
| H. | Nextgene | 0 (0) |
| I. | Others (CodonCode Aligner) | 1 (9.09) |
| 4 | What percentages of BRCA pathogenic variants and VUS detection (prevalence) rates did your institution have in 2014?** |
| A. | Pathogenic variant mutation: _______% | 18.1 (mean) |
| B. | VUS: _______% | 20.5 (mean) |
| 5 | Do you have any criteria for interpreting the results of the BRCA1/2 genetic tests at your institution?* |
| A. | ACMG guideline | 9 (81.82) |
| B. | IARC guideline | 3 (27.27) |
| C. | Modified version of previous guideline | 3 (27.27) |
| D. | No | 0 (0) |
| 6 | What numbering system does your organization follow for the genetic test report? |
| A. | HGVS nomenclature | 8 (72.72) |
| B. | BIC nomenclature | 1 (9.09) |
| C. | HGVS nomenclature & BIC nomenclature | 2 (18.19) |
| 7 | What kind of database does your organization utilize for the clinical interpretation of the pathogenic variants found from the results of the genetic tests?* |
| A. | Human Gene Mutation Database (HGMD) | 11 (100.00) |
| B. | Breast Cancer Information Code (BIC) | 11 (100.00) |
| C. | ClinVar | 10 (90.91) |
| D. | DbSNP | 10 (90.91) |
| E. | Literature search | 8 (72.73) |
| F. | LOVD-IARC | 7 (63.64) |
| G. | Leiden Open Variation Database | 4 (36.36) |
| H. | Organization’s own database | 3 (27.27) |
| I. | ARUP BRCA1/2 Mutation Database | 2 (18.18) |
| J. | Korean Breast Cancer Registry Database | 2 (18.18) |
| K. | BRCA1/2 Share | 0 (0) |
| 8 | Based on the clinical significance of the pathogenic variants found from your genetic testing results, how many categories do you use and how do you name them?*** |
| A. | 3 | 11 (100.00) |
| B. | 5 | 0 (0) |
| C. | 6 | 0 (0) |
| 9 | What type of clinical information is referenced when interpreting the genetic testing results?* |
| A. | Family history | 8 (72.73) |
| B. | Age of cancer onset | 7 (63.64) |
| C. | Pathological result | 3 (27.27) |
| D. | Do not exploit references | 3 (27.27) |
| E. | Unilateral/bilateral | 1 (9.09) |
| 10 | Do you consider the population frequency of the pathogenic variants obtained from genetic testing as an important factor? If so, what type of reference method do you use?* |
| A. | 1000 Genome frequency | 6 (54.55) |
| B. | Racial (ethnicity) frequency | 6 (54.55) |
| C. | Korean frequency | 6 (54.55) |
| D. | Hapmap frequency | 5 (45.45) |
| E. | Not important | 2 (18.18) |
| 11 | What criterion is used to decide common SNPs, when using the population frequency as a reference? What standard percentage is used for the allele frequency? |
| A. | No criteria | 2 (18.18) |
| B. | DbSNP-common SNP | 3 (27.27) |
| C. | 1% | 5 (45.45) |
| D. | 5% | 1 (9.09) |
| 12 | How do you report pathogenic variants that have already been identified in existing papers or listed in the pathogenic variant database? |
| A. | Always report as a pathogenic variant | 2 (18.18) |
| B. | Additional review and classified as VUS if unclassified/unclear result | 9 (81.82) |
| 13 | Do you report the degree of risk based on the genetic testing results? |
| A. | No | 7 (63.64) |
| B. | Increasing risk level/normal range | 4 (36.36) |
| C. | Calculation of risk value | 0 (0) |
| 14 | What analytical tool do you use to perform the in-silico analysis regarding a VUS?* |
| A. | PolyPhen-2 | 11 (100.00) |
| B. | SIFT | 10 (90.91) |
| C. | Align-GVGD | 6 (54.55) |
| D. | Splicing analysis | 4 (36.36) |
| E. | Mutation Taster | 3 (27.27) |
| F. | FATHMN | 1 (9.09) |
| G. | Mutation Assessor | 0 (0) |
| H. | GERP++ | 0 (0) |
| I. | No in-silico analysis | 0 (0) |
| 15 | If you performed an in-silico analysis, do you indicate this method in the results report? |
| A. | Yes | 8 (72.73) |
| B. | No | 3 (27.27) |
| 16 | How do you interpret the synonymous variation derived from a VUS observed in the genetic test results? |
| A. | All negative | 2 (18.18) |
| B. | All VUS | 0 (0) |
| C. | VUS and additional statement of a low possibility of a pathogenic variant | 3 (27.27) |
| D. | VUS based on population frequency, in-silico study, and references | 5 (45.45) |
| E. | No case of VUS, synonymous | 1 (9.09) |
| 17 | How do you interpret the MISSENSE VARIATION derived from a VUS observed in the genetic test results? |
| A. | All positive | 0 (0) |
| B. | All VUS | 0 (0) |
| C. | VUS based on population frequency, in-silico study, and references | 10 (90.91) |
| D. | VUS-based, but provide objective evidence, such as population frequency, in-silico study, and literature reports for clinician determination. | 1 (9.09) |
| 18 | How do you interpret INTRONIC VARIATION other than the splice site of VUS observed in the genetic test results? |
| A. | All positive | 0 (0) |
| B. | All VUS | 0 (0) |
| C. | VUS and additional statement of a low possibility of a pathogenic variant | 5 (45.45) |
| D. | VUS based on population frequency, in-silico study, and references | 5 (45.45) |
| E. | Additional RNA studies | 1 (9.09) |
| 19 | If you find any pathogenic variants that are unclear based on your clinical judgement, do you recommend testing for the patient’s family? |
| A. | Yes | 8 (72.73) |
| B. | No | 3 (27.27) |
| 20 | Do you consider the prerequisite of the 5-step reporting system for a VUS? |
| A. | Yes | 0 (0) |
| B. | Yes, but it is not practical | 8 (72.73) |
| C. | Yes, if it is necessary in clinical practice | 3 (27.27) |
| D. | No | 0 (0) |
| 21 | Are you willing to follow the Korean version of standardization and guidelines for BRCA1/2 genetic testing in the future? |
| A. | Yes | 6 (54.55) |
| B. | Yes, if it is practical in a clinical setting | 5 (45.45) |
| C. | Not yet | 0 (0) |
| 22 | What do you think is indispensable for the standardized interpretation of BRCA1/2 genetic test results in Korean clinical practice?* |
| A. | Korean polymorphism database | 11 (100.00) |
| B. | Functional study database | 8 (72.73) |
| C. | Objective criteria of interpretation | 11 (100.00) |
*Multiple answers possible; **Open-ended answer, the answers are shown in Table 2; ***Open-ended answer, the answers are shown in Table 3.
유전자 검사를 위해 가장 많이 사용하는 방법은 Sanger sequencing으로 전체 기관에서 사용하고 있었고, 2개의 기관에서 Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA)을 함께 사용하고 있었다. 유전자 검사 결과 분석 시 사용하는 소프트웨어는 Sequencher (81.81%), Seqscape (27.27%), Codoncode Aligner (9.09%) 순이었다.
각 기관에서 2014년도에 발견한 pathogenic variant 및 variation of unknown significance (VUS)의 비율은 Table 2와 같았다. 전체 기관의 pathogenic variant 발견 평균은 pathogenic variant 18.1% (범위 5–40.3), VUS 20.5% (범위 0–42.5)이었다. 이 중 3개의 기관은 VUS 발견에 대한 비율이 pathogenic variant보다 높게 나타나나 1개의 기관에서 VUS를 보고하지 않았다. 문항 5에서 확인한 BRCA1/2 유전자 검사 결과 해석 시 따르고 있는 가이드라인으로 한가지 가이드라인을 사용하는 기관은 7기관, 두 가지 가이드라인을 동시에 사용하는 기관은 4기관이었으며 American College of Medical Genetics (ACMG) 기준을 9개 기관(81.82%)에서, The International Agency for Research on Cancer (IARC) 기준을 3기관(27.27%), 기존 가이드라인에서 일부를 차용한 기준을 각각 3기관(27.27%)에서 따르고 있음을 알 수 있었다.
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Table 2 Pathogenic variant and variation of unknown significance (VUS) detection rates for each organization in 2014
| (%) | A | B | C | D | E | F | G | H | I | J | K |
|---|
| Pathogenic variant | 17 | 15 | 20.9 | 14.8 | 18 | 32/8.3* | 20 | 22 | 5 | 10 | 16 |
| VUS | 29 | 30 | 9 | 29.6 | 14 | 0 | 42.5 | 18 | 10 | 10 | 33 |
*BRCA1/2: 32%, BRCA1/2: 8.3%.
또한 BRCA1/2 유전자 검사 결과 보고서의 염기위치번호는 Human Genome Variation Society (HGVS) nomenclature를 8개의 기관(72.72%)에서, HGVS nomenclature & Breast cancer Information Core (BIC) nomenclature를 3개의 기관(18.19%)에서, BIC nomenclature를 1개의 기관(9.09%)에서 따르고 있음을 알 수 있었다.
각 기관의 BRCA1/2 유전자 검사 결과에서 발견된 변이의 임상적 해석을 위하여 참고하는 데이터베이스는 각 기관에서 평균적으로 최소 3가지를 이용하는 것으로 나타났으며 가장 많이 이용하는 데이터베이스의 종류로는 Human Gene Mutation Database & BIC Code (100%), Clin Var & DbSNP (90.91%), Literature search (72.73%), Leiden Open Variation Database (LOVD)-IARC (63.64%), LOVD (36.36%), 기관 내 자체데이터 (27.27%), Associated Regional and University Pathologists (ARUP), BRCA1/2 Mutation Database & Korean Breast Cancer Registry Database (18.18%) 순으로 나타났다.
문항 8에서는 유전자 검사 결과에서 발견된 변이의 임상적 의미에 대해 모든 기관이 3개의 카테고리로 분류함을 알 수 있었다(Table 3).
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Table 3 Category names used for the variants in the genetic test results
| A | B | C | D | E | F | G | H | I | J | K |
|---|
| 1 | Polymorphism | Detected | Benign | Benign variant | No pathogenic variant detected | Benign variant | Polymorphism | Polymorphism | Pathogenic variant | Benign variant | Benign |
| 2 | Unclassified variant | VOUS* detected | VUS* | Variant of uncertain significance | Variant of uncertain significance | Variant of uncertain significance | Variant of uncertain significance | Unclassified sequence variant | Unclassified variant | Variant of uncertain significance | VUS* |
| 3 | Pathogenic variant | Not detected | Pathogenic variant | Pathogenic variant | Pathogenic variant detected | Pathogenic variant | Pathogenic variant | Pathogenic variant | Polymorphism | Pathogenic variant | Pathogenic |
All of the organizations used 3 categories.
*variants of unknown (or uncertain) significance.
유전자 검사 결과 해석 시 4개의 기관에서 3가지 임상정보를, 3개의 기관에서 2가지 임상정보를 함께 참고하였고 가족력(72.73%), 암 발병 나이(63.64%), 병리학적 소견(27.27%), 편측성/양측성 유방암(9.09%) 순으로 나타났으며 임상 정보를 참고하지 않는 기관은 27.27%이었다. 유전자 검사에서 발견된 변이에 대한 인구집단 빈도를 참고할 경우 1000 Genome에서의 빈도[5-7], 인종별 빈도, 한국인에서의 빈도데이터를 각각 6기관(54.55%)에서 가장 많이 참고하였고 5기관(45.45%)에서 International HapMap Project 빈도[8]를 참고하였으며 2기관(18.18%)에서는 인구집단 빈도를 참고하지 않았다. 인구집단 빈도를 참고하는 경우 공통 SNP로 판정하는 기준을 대립 유전자 빈도 1%로 사용하는 기관 5곳(45.45%), dbSNP의 공통SNP로 판정됨을 기준으로 사용하는 기관이 3곳(27.27%), 대립 유전자 빈도 5%를 사용하는 기관이 1곳(9.09%)임을 알 수 있으며 2곳은 기준이 없는 것으로 확인되었다.
문항 12에서는 기존 논문에 보고되거나 pathogenic variant 데이터베이스에 등재되어있는 변이에 대해 보고하는 과정으로, 추가적인 검토를 하여 근거가 부족한 경우 VUS로 분류하는 것이 81.82%로 대부분이었으나 18.18%에서는 pathogenic variant로 보고하고 있음을 알 수 있었다.
BRCA1/2 유전자 검사 결과에 따른 위험도 보고에 대해서는 7개의 기관에서는 보고하지 않는 것으로 나타났고, 4개의 기관에서는 위험도 증가/정상인과 비슷함으로 나누어 보고하는 것으로 나타났다.
VUS에 대해서 in-silico 분석을 시행하는 경우 사용하는 분석 도구는 PolyPhen-2 (31.43%)가 가장 많이 사용되고 있었고[9-12], SIFT [13-17] (28.57%), Align-GVGD [18] (17.14%), splicing analysis (11.43%), mutation taster (8.57%), FATHMN (2.86%) 순으로 나타나며 문항 15와 같이 in–silico 분석을 시행한 후 결과보고서에 언급을 하는 기관은 8곳(72.73%), 언급하지 않는 기관은 3곳(27.27%)으로 조사되었다. 유전자 검사 결과에서 관찰된 VUS 중 동일 변이에 대해서는 45.45%가 VUS로 보고하되 인구집단 빈도, in-silico study, 문헌 보고 등 다른 소견들을 종합하여 pathogenic variant일 가능성을 판정하고 있었고, 27.27%가 VUS로 보고하되 pathogenic variant일 가능성이 낮음을 언급하고, 18.18%가 모두 음성으로 보고하고 있었으며, 9.09%에서 VUS와 동일 변이의 증례가 없었던 것으로 나타났다. 이렇게 관찰된 BRCA1/2 유전자 검사 결과의 VUS 중 missense variation에 대해서는 90.91%는 VUS로 보고하되 인구집단 빈도, in-silico study, 문헌 보고 등 다른 소견들을 종합하여 patho-genic variant일 가능성을 판정하고 있었고, 9.09%는 VUS로 보고하되 임상의가 판단할 수 있게 인구집단 빈도, in-silico study, 문헌 보고 등의 객관적인 증거를 제시하고 있었다. BRCA1/2 유전자 검사 결과에서 관찰된 VUS 중 splice site 이외에 다른 intronic varia-tion에 대해서는 각각 45.45%로 VUS로 보고하되 pathogenic variant일 가능성이 낮음을 언급하거나, VUS로 보고하되 인구집단 빈도, insilico study, 문헌 보고 등 다른 소견들을 종합하여 pathogenic variant일 가능성을 판정하고 있었고, 9.09%는 추가로 RNA study를 진행하고 있음을 알 수 있었다.
임상적 의미가 분명하지 않은 변이인 VUS가 발견된 경우 8개의 기관에서 가족에 대한 검사를 권장하고 있었고, 3개의 기관에서 가족에 대한 검사를 권장하지 않음을 알 수 있었다. 문항 20에서는 VUS의 등급에 따른 5단계 이상의 결과 보고체계의 필요성에 대해 질문하였고 8개(72.73%)의 기관에서 결과 보고체계가 필요하다고 생각하나 현실적으로 어렵다고 생각하고 있었으며, 3개(27.27%)의 기관에서 임상에서 요구할 경우 고려해보겠다고 대답하였다. 또한 한국에서 BRCA1/2 유전자 검사의 해석에 있어서 표준화 및 지침 작성을 진행할 경우 54.55%의 기관이 표준화 지침에 따를 계획이며 45.45%는 검사실에서 현실적으로 실행 가능하면 따를 생각이 있다고 대답하였다.
각 기관에서 유전자 검사의 해석 표준화에서 필요하다고 생각하는 부분은 전체 11개의 기관에서 한국인 고유의 다형성 데이터 베이스축적(100%)과 해석 기준의 객관화(100%)가 필요하다고 대답하였고, 8개의 기관에서 functional study 데이터의 축적(72.73%)이 필요하다고 대답하였다.
기타 의견으로는 한국인 super-normal control 데이터를 생성하였으면 하는 의견과 유전자 검사의 해석 및 결과 보고에 있어 표준화된 지침이 꼭 마련되었으면 좋겠다는 의견이 있었다.
